第一批外资研发中心名单，自2021年1月1日起实施，至第一批名单印发之日后30日内已征的应免税款，准予退还；以后批次的名单，自印发之日后第20日起实施。已征应免税款，外资研发中心可以向深圳海关申请退还。

其中，已征税进口且尚未申报增值税进项抵扣额抵扣的，应事先取得深圳市税务局出具的《“十四五”期间支持科技创新进口税收政策下进口商品已征进口环节增值税未抵扣情况表》，向深圳海关申请办理退还已征进口关税和进口环节增值税手续；已申报增值税进项抵扣额抵扣的，仅向深圳海关申请办理退还已征进口关税手续。外资研发中心可以向深圳海关提出申请，选择放弃免征进口环节增值税。主动放弃免征进口环节增值税后，36个月内不得再次申请免征进口环节增值税。