早在2015年8月18日，中央全面深化改革领导小组会议审议印发了《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》，10月24日国务院印发了《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》。对新时期高等教育重点建设进行了新的部署，将“211工程”、“985工程”、“优势学科创新平台”等重点建设项目统一纳入世界一流大学和一流学科建设。同年11月国务院印发，决定统筹推进世界一流大学和一流学科的建设。

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2017年9月21日，教育部、财政部、国家发展改革委联合发布第一轮世界一流大学和一流学科建设高校及建设学科名单。

2022年2月14日，教育部、财政部、国家发展改革委公布第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单。

上述原211工程医药高校，北京中医药大学、天津医科大学、中国药科大学、北京协和医学院、海军军医大学、空军军医大学，均进入第二轮“双一流”建设学科名单。

除此以外，下列高校也进入第二轮“双一流”建设学科名单：

复旦大学、上海交通大学、上海中医药大学、天津中医药大学、东南大学（生物医学工程）、南京医科大学、南京中医药大学、浙江大学、山东大学、郑州大学、武汉大学、华中科技大学、中山大学、暨南大学、广州医科大学、广州中医药大学、四川大学、成都中医药大学。

医药学高校并入其他高校，尤其是985类高校，能够获得更好的资源、更好的生源、更好的待遇，对其发展可能会有促进作用，但是坚持独立办学也许对于社会、学校、学科会有更大的发展空间。