1922年10月，由于北洋政府屡屡拖欠教育经费，各大学财政状况大多不理想，而讲义印刷需要费用，以北大为例，此项开支便“岁达一万余元”。为此，北大评议会通过一项议案，规定需要讲义的学生必须先购讲义券，然后才可得到讲义。此举未能得到学生理解，迅速升级为学生抵制学校决定的“讲义风波”。数百学生集合示威，要求学校收回成命。

蔡元培闻讯，立即赶到现场，告谕学生必须服从学校规定。多数学生散去，但仍有一些示威学生不予理睬，甚至涌进办公室，要找主张这条“可恶规定”的人算账。蔡元培一改往日的温良，在红楼门口挥拳作势，怒目大声道：“我给你们决斗！”包围他的学生见此纷纷后退。后来，蔡元培还对那些来势汹汹的学生说：“我是从手枪炸弹中历练出来的，你们如有手枪炸弹，尽不妨拿出来对付我”。最后，风潮由胡适调停解决。

历来强调“思想自由，兼容并包”的蔡元培，更受不了官僚、政府对北大办学的横加干涉。

早在1919年“五四”运动中，蔡元培因不满北洋政府对学生的镇压和迫害而愤然辞职，5月9日悄然离京。这次辞职引发各方广泛的“挽蔡行动”，北京各大专学校校长于5月13日齐上辞呈。

6月15日，蔡元培发布《不肯再任北大校长的宣言》：我绝对不能再做那政府任命的校长，为了北京大学校长是简任职，是半官僚性质......天天有一大堆无聊的照例的公牍。要说稍微破点例，就要呈请教育部，候他批准??我是个痛恶官僚的人，能甘心仰这些官僚的鼻息么？蔡元培还在宣言中表示：“我绝对不能再做不自由的大学校长”，“我绝对不能再到北京的学校任校长”。不过，在各方的极力“慰留”下，蔡元培还是再度出任北大校长。

1923年1月17日，蔡元培再次愤而辞职，次日在《晨报》上刊发声明：“元培为保持人格起见，不能与主张干涉司法独立、蹂躏人权之教育当局再生关系，业已呈请总统辞去国立北京大学校长之职，自本日起，不再到校办事，特此声明。”

蔡元培这次辞职，缘于“罗文干案”。罗文干字钧任，广东番禺人，清末留学英国，专攻法学，获牛津大学硕士学位，归国后长期任职于司法界，时任财政总长，曾是北大法科兼课讲师。当时的直系军阀和部分官僚政客们一手制造了“罗文干案”，控告罗文干贪污受贿，胁迫黎元洪下令逮捕罗文干；罗文干第一次被捕后因证据不足被无罪释放，但新任的教育总长彭允彝却在内阁会议上提议“再来过”，结果罗文干再次被捕入狱。

蔡元培愤怒了，他尤其对“顶头上司”、教育总长彭允彝的卑污人格憎恶万分，毅然提交辞呈，以示耻于为伍，并毫不留情地抨击了军阀政客们的所作所为——“耳目所及，举凡政治界所有最卑污之罪恶，最无耻之行为，无不呈现于中国”，“元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安，尤不忍于此种教育当局之下支持教育残局，以招国人与天良之谴责”。7月，蔡元培偕家人赴欧从事学术研究，直到1926年归国。

“如果让我加入国民党，我就不做这个院长”

西南联大在反对行政干涉和党化教育方面，尤为难能可贵。

为坚守民主治校，西南联大坚决反对“官本位”意识。就连称呼上，西南联大只有“先生”、“学生”两种称呼，学校教职员一律称“先生” 或者“某某师”，而不会有“某院长”、“某处长”、“某主任”之称。

1938年3月，国民党颁发通过了《战时各级教育实施方案》等文件，明确规定以“三民主义”为抗战行动的最高准绳，把各级教育纳入“最高准绳体系。”

同年秋，教育部又明文规定“党义（三民主义）为当然必修科目。”对此，西南联大工学院院长吴有训曾非常不满地说：“三民主义”被蒋介石搞成了“三迷主义”——官迷、财迷、色迷。

据说当时西南联大开党义课时，讲师往讲台一站，马上给学生鞠一个躬说：兄弟这门课是奉送的。后来随着抗战形势的发展，西南联大的三民主义教学几乎到了举步维艰的地步。不但听课的学生寥寥无几，就连为获得成绩的读书报告，很多学生也懒得交。学校也采取敷衍态度，交不交作业都给学生及格以上的分数。

1939年，陈立夫为教育部长，政府又规定说：西南联大院长级别以上的人，都得是（或要成为）国民党党员。对此，西南联大很多教授不以为然。法商学院院长陈序经就说：“如果让我加入国民党，我就不做这个院长。”闻一多发现同屋的教师是国民党员后，专门就此向学校提出换房，理由是在房间里骂国民党不方便。