饱和脂肪酸和反式脂肪酸的区别在于来源、性质、组成成分等。
1、饱和式脂肪酸来源于椰子油、棕榈油以及动物性脂肪；反式脂肪酸主要在人造奶油、甜甜圈等食物中。
2、饱和式脂肪酸是指不含有双键的脂肪酸；反式脂肪酸属于不饱和脂肪酸。
3、饱和式脂肪酸是天然存在的；反式脂肪酸多半是人工合成的。
结构性质
反式脂肪酸是分子中含有一个或多个反式双键的非共轭不饱和脂肪酸。反式双键中与形成双键的碳原子相连的两个氢原子位于碳链的两侧，天然脂肪酸中的双键多为顺式，氢原子位于碳链的同侧。反式双键的键角小于顺式异构体，其锯齿形结构空间上为直线型的刚性结构，这些结构上的特点使其具有与顺式脂肪酸不同的性质，具有更高的熔点和更好的热力学稳定性，性质更接近饱和脂肪酸。反式脂肪酸的熔点受双键的数量，结合形状和位置的影响。顺式油酸熔点为13.5℃，而反式油酸的熔点则为46.5℃，室温下呈固态。
来源
氢化植物油是反式脂肪酸最主要的食物来源。以不饱和脂肪酸为主的植物油在加压和镍等催化剂的作用下加氢硬化，从液态不饱和脂肪酸变成固态或半固态的饱和脂肪酸。但在处理过程中，植物油中一部分不饱和脂肪酸从天然构架顺式不饱和脂肪酸转变成了反式不饱和脂肪酸。不饱和脂肪酸氢化时产生的反式脂肪酸因加工工艺不同有很大波动，一般占油脂含量的8%~70%，其中以反式C18:1脂肪酸（反油酸）为主。