旱涝灾害最主要的原因是降水季节分配不均匀，年降水量变化大。
夏季风的进退会直接影响到我国大陆东部雨带的推移时间，从每年的4月份开始，雨带的位置就会由南方向北方推移，而到了大约9月份的时候，就会由北向南撤退。所以我国南方的雨季出现的时间要比北方的早一些，也比北方的时间长，而夏季风与雨带进退的“失常”，就很容易造成旱涝灾害的出现。如果夏季风比较弱，它的推进速度迟缓，就会一直徘徊在南方，南方则会出现洪涝灾害，而北方则是干旱现象；如果夏季风的风力比较强，推进的速度比较快，在北方停留的时间过长，则会导致北方出现洪涝、南方出现干旱的现象。
季风影响是导致降水量时空分布不均匀的主要原因，由于受到夏季风的影响，降水量的多少就由东南向西北内陆逐渐减少，并且降水量主要集中在夏季，而冬季的降水量一般不会超过全年降水量的10%。
出现旱涝灾害的其他原因：
1、地壳板块滑移漂移，导致表层水分渗透流失转移，使地表的一些水分丧失。
2、水土流失现象严重，植树的破坏。
3、天文潮汛期所导致形成。
4、水利工程缺乏或者是水利基础设施比较脆弱，涵养水源的能力较弱。
5、没有做到顺应洪涝和干旱汛期规律，同时也没有遵循洪涝时蓄水，干旱时取水调水的原则。