据希罗多德《历史》中的一个段子，雅赫摩斯二世当政期间曾经把一个眼科医生送给居鲁士大帝，这个人因此对法老心怀怨恨，于是劝说居鲁士向埃及求娶雅赫摩斯的女儿，雅赫摩斯知道居鲁士已经有了妻子，不愿意自己的女儿成为侍妾，但是也不敢得罪强大的居鲁士王。于是他就把前任法老阿普西斯的女儿尼特缇丝（Nitetis）嫁了过去。

后来有一次，一个波斯女贵族拜访居鲁士的后宫，大加赞美站在卡桑达涅王后身边身材高大且面目清秀的孩子们，可是王后却生气的说：虽然我是这样一些孩子们的母亲，可是国王还是看不上我，反而尊重那个来自埃及的女人。站在一边的冈比西斯站了出来，说：母亲，那么等我长大了之后我会把整个埃及搅翻！

于是冈比西斯长大之后，他就真的那么做了。一个名叫帕涅斯的希腊雇佣兵首领对雅赫摩斯二世不满，逃亡前来波斯成为冈比西斯二世的顾问。他向冈比西斯二世指引了进军的路线 ，于是经过四年多的精心准备，西元前520年，冈比西斯二世正式起兵攻打埃及。

波斯大军穿过叙利亚人和腓尼基人的地盘，在阿拉伯人的帮助下越过干旱缺水的荒漠，到达今天的巴勒斯坦地区。经过加沙（Gaza)时波斯大军遇到了意外的抵抗，经过一场作为热身的小小围城战之后，冈比西斯麾下的大军到达埃及边境，此时雅特摩斯二世刚刚去世不久，他的儿子普萨美提克三世（Psammetique III）率领由埃及人，努比亚雇佣军，希腊雇佣军组成的军队正在贝鲁西亚河口严阵以待。

波斯猫震慑敌军

埃及的军队非常痛恨帕涅斯的背叛，于是把他留在埃及的两个儿子押到两军阵前，割断他们的喉咙，把他们的血装进罐子，然后掺进酒和水，埃及的士兵每人喝上一口走向战场。但是这种做法虽然一时爽，但是并不能改变什么，经过一场惨烈的厮杀之后埃及战败，史称贝鲁西亚会战。

据说在埃及混了很长时间帕涅斯非常了解埃及军队的习惯，他建议冈比西斯二世下令让士兵们把猫绑在盾牌上，因为猫在努比亚人的信仰中居于崇高的地位，于是冈比西斯照做，结果两军战斗中埃及军队不敢向波斯军队射箭，招致失败。

贝鲁西亚会战之后冈比西斯率领大军占据了塞易斯城，普萨美提克三世退守孟菲斯。冈比西斯在经过巴勒斯坦时利用腓尼基人组建了海军，从此波斯大军的序列当中有了海军的存在，这时候冈比西斯指挥波斯大军沿着尼罗河水陆并进，连续攻占重镇赛斯和赫利奥波利斯，埃及海军统帅乌加霍列森尼（Udjahorresne）也投降了波斯。

波斯大军进抵孟菲斯城下，冈比西斯二世想劝刚刚统治了了六个月的埃及法老普萨美提克三世投降，以避免更多的流血，派了一支由200多人组成使团前往孟菲斯城内谈判。结果使团刚一下船，就被冲出城的埃及军队砍成了碎片，并且把残肢断臂展示给波斯人看。冈比西斯发誓要让埃及人以10倍的代价偿还。

普萨美提克三世

波斯大军没用多久便攻克了孟菲斯，冈比西斯把包括普萨美提克三世的儿子雅赫摩斯（没错，和他的爷爷同名）在内的2000多名贵族处死。临刑前冈比西斯让这些人套上绳索，戴上马的嚼子，从普萨美提克三世面前经过，法老竟然无动于衷。冈比西斯又让普萨美提克三世的女儿穿上奴隶的衣服，像奴隶一样抱着水罐去打水，法老还是低头不语。这时普萨美提克三世看见自己的一个朋友像穷人一样在向波斯的军队乞讨时竟然流泪哭泣。

冈比西斯二世派使者问询原因，普萨美提克三世说：“我心里的痛苦早已超过了哭泣的程度，然而伙伴的不幸遭遇却引起了我的同情之泪，一个失去了巨大财富和幸福的人却在老去之后还要行乞”。这样的回答让此时在冈比西斯二世身边的吕底亚国王克罗索斯感伤不已。

一向奉行宽容政策的波斯统治者也起了恻隐之心，打消了处死法老的计划，并且打算赦免法老的儿子，但是当派人前往刑场解救时已经为时已晚。波斯人将普萨美提克三世带回了苏萨，后来据说因为计划造反的阴谋而被杀。

对埃及的处理完全符合那个时代通行的做法和波斯军队一贯的政策，先是让军队大肆劫掠一番，然后开始怀柔，破坏了希腊雇用兵的堡垒，把神庙的地产和奴隶返还给神庙的祭司集团，向当地的神明供奉以换取祭司集团对新统治者合法性的承认。

冈比西斯的大军被沙城暴吞没

但是埃及文明悠久，发展到这个时候社会阶层和利益分布极其复杂，神庙祭司集团的势力非常强大，占据了大部分地产，奴隶和财富，导致武士阶层掌握的政权机构获得税收和财富非常有限。后来波斯统治者为了维持在埃及的统治不得不增加对神庙的税收，引起祭司集团的不满。社会财富的集中也导致阶级矛盾尖锐，加上古埃及向来以人类文明的中心和大国自居，不甘心受人统治，这些矛盾交织在一起，为后来埃及的动荡埋下了伏笔，但这些都是后话。

阿蒙神庙

此刻冈比西斯二世征服了埃及，将近东北非这一当时世

界文明核心区的主要地区都踩在了脚下，他也获得了“埃及法老，太阳神拉的后裔”这样代表埃及最高统治者的头衔。此时利比亚和昔兰尼得知埃及发生的事情，主动前来表示臣服。冈比西斯还打算派海军沿着非洲北部海岸向西征服迦太基，但是遭到了腓尼基人的拒绝，因为迦太基是腓尼基人的同胞。冈比西斯非常尊重这些主动归附前来帮助他作战的腓尼基人和塞浦路斯人，而且波斯的海军还要依靠他们，于是就此作罢！

既然海上的军事行动不能执行，那么就继续靠陆上的军队作战，波斯大军继续沿着尼罗河向着非洲内陆挺进，夺取了哈里杰绿洲，并派兵前往著名的锡瓦绿洲，去消灭阿蒙神庙中宣示神谕的人，据说此神庙喻示了他的灭亡。他组织军队准备进攻库施王国（埃塞俄比亚地区），但是在途中因为补给不足而惨遭失败。据说因为缺少粮食，冈比西斯下令士兵每十人一组进行抽签，选取一人杀死作为其他九人的食物，被称作“冈比西斯之签”。

波斯大军在前方遭到挫折的消息鼓舞了埃及的反抗势力，冈比西斯不得不回师平叛。